Anna Töller, aufgewachsen in Oberbayern, studierte an der Universität Mozarteum Salzburg Chordirigieren bei Prof. Karl Kamper, Gesangspädagogik bei Prof. Maria Anna Schartner sowie Musik- und Tanzpädagogik. All ihre Studien schloss sie mit Auszeichnung ab. Noch zu Studienzeiten leitete sie von 2009 – 2011 den heutigen Mozartchor Salzburg. Anna Töller ist Trägerin des österreichischen Staatsstipendiums und des Stipendiums der deutschen Carl-Orff-Stiftung. 2011 wurde ihr die Bernhard-Paumgartner-Medaille von der Internationalen Stiftung Mozarteum verliehen.
Ebenfalls 2011 führte sie ihr Engagement als Chordirektorin an das Theater Vorpommern. Mit Beginn 2014 wechselte sie in derselben Funktion an das Theater Heidelberg. Diese Zeit war von der Zusammenarbeit mit namhaften Regisseuren*innen (darunter Peter Konwitschny, Nanine Linning, Lydia Steier) und Dirigenten (Mario Venzago) geprägt. Darüber hinaus zeichnete sie für die Choreinstudierungen mehrerer Uraufführungen bzw. deutscher Erstaufführungen verantwortlich („Abends am Fluss“ und „Hochwasser – zwei Koffer im Keller“ von Johannes Harneit, „Rumor“ von Christian Jost). Im Jahr 2014 wurde sie von der Zeitschrift „Opernwelt“ in der Kategorie „Bester Chor des Jahres“ für ihre Einstudierung von R. Wagners „Lohengrin“ am Theater Vorpommern nominiert.
Seit Frühjahr 2017 ist sie als freie Chordirigentin, Gesangs- und Instrumentalpädagogin sowie als Referentin diverser Seminare und Workshops tätig.
Im Wintersemester 2018 begann ihre Lehrtätigkeit am Orff-Institut (Universität Mozarteum Salzburg), mit dem Wintersemester 2019 wurde sie zur Professorin für den Fachbereich Musik ebendort berufen.